События Star Trek: Judgment Rites разворачиваются в далеком будущем. Всё прохождение сосредоточено на команде Энтерпрайза, пытающейся уволиться с работы, но их постоянно просят выполнять следующие задания, от которых они не могу отказаться. Проект "Звездный Путь" нацелен на повествование сюжетной линии с многими скрытыми элементами и отсылками к неигровым произведениям.

Игровой процесс сход на предыдущую часть. Игроку предстоит взять управление над капитаном Кирком из агентства USS Unterprise. Главный герой путешествует вместе с другими членами экипажа: Спок, Макка и другие люди. Прохождение состоит из восьми эпизодов. Пользователь будет решать головоломки и преодолевать трудности, как на корабле, так и в отдаленных частях галактики за пределами звездолета. В первой игре сражения были обязательными. Теперь в "Стартрек" можно обходить столкновения и не встревать в нежелательные битвы.

Всё начинается с того, как Энтерпрайз тестирует новые технологии, из-за чего получает не состыковку в пространстве-времени. Из-за этого прямо перед протагонистом появляется практически уничтоженный космический корабль Федерации. Звездолет говорит, что вернулся в настоящее время из будущего. Перед взрывом они видели, как Федерацию уничтожили противники. Экипажу капитана Кирка предстоит отправиться расследовать это дело и выяснит причину разрушения в будущем. Им необходимо предотвратить сражение любой ценой.