Kunoichi Tsubaki [X-rated Ver.] повествует об альтернативном историческом периоде воюющих кланов Японии, где люди сталкиваются с демонами, нападающими на мирные земли. Остров захватывают командиры адских созданий, которым смогут противостоять лишь загадочные женщины, обладающие невероятной силой и способностями боевого искусства. Таинственные дамы являются существами тьмы и называются Куноичи. Игра выполнена в виде визуального приключения, совмещающего жанры rpg и интерактивной новеллы, нарисованной в аниме стилистике.

Приключения в Kunoichi Tsubaki [X-rated Ver.] начинаются в городе, где отряд девчонок маскируется под горничных и внимательно исследует местность. Главной задачей выступает поиск военачальников, которые руководят передвижениями армий и военными действиями, отдавая приказы для воинов. Протагонистка, за которую будет изучать мир геймер, обладает скрытными и коварными навыками ниндзя, позволяющие бесшумно и ловко справляться с противниками и пробираться в ночное время суток в замок к врагу.

Игра рассчитана на взрослую аудиторию пользователей из-за особых эротических сцен, происходящих в процессе прохождения сюжета. Героиня получает способности к соблазнению других персонажей, чтобы получать необходимую информацию или сведения о происходящих событиях внутри крепости командиров армии зла. Геймплейные механики позволят очаровывать соперников, чтобы подкрасться и нанести им смертельный удар со спины.