A Clockwork Ley-Line: The Borderline of Dusk повествует про магическую вселенную, наполненную волшебством и сильными колдунами. История разворачивается в фэнтезийном сеттинге, выполненном в аниме рисовке. Игра погружает геймеров в визуальный роман, где предстоит наблюдать за развитием истории и читать диалоги между персонажами. Главной героиней выступает девушка по имени Кога Мичуру, студентка специализированной академии. Девчонка обучается на первом курсе, находясь в учебном учреждении, расположенном глубоко в горах.

Отправляясь в A Clockwork Ley-Line: The Borderline of Dusk, геймерам предстоит:

• Читать историю о юной даме, попадающей в круговорот неожиданных событий.
  
• Разбираться с проблемой разбитой статуи, которую случайно уронила героиня.
  
• Отрабатывать в "Бюро по расследованию особых дел", занимаясь поиском улик по загадочным происшествиям.
  
• Знакомиться с персонажами, обитающими в сказочной вселенной.
  
• Налаживать и развивать взаимоотношения с другими учениками, а также с мальчиком, помогающим с работой над расследованием запутанных ситуаций.
  
• Добиваться дружеского или романтического взаимопонимания и связей с одноклассниками, обучающимися совместно с молодой протагонисткой.
  
• Изучать древнюю подземную библиотеку, стараясь раскрыть секреты могущественной магии.
  
• Решать сверхъестественные проблемы, происходящие в период "Царства Ночи", начинающегося после ударов курантов на башенных часах странного университета.