Романтические приключения в Sakura Shrine Girls погружают пользователей в атмосферный визуальный роман, повествующий про паренька по имени Тору. Молодой человек проживает в небольшом японском городке и не верит в потусторонние силы, несмотря на пристрастие к семейной религии. Герой решается заняться углубленным изучением священных идеологий, из-за чего переезжает к дедушке и начинает обучение в качестве начинающего священнослужителя. Игроки будут наблюдать за развитием сюжетной линии, направляя поступки и действия персонажа.

Главной целью для протагониста в Sakura Shrine Girls станет выяснение слухов про загадочных духов, вследствие чего парень повстречает двух девушек-кошечек. Относясь с подозрением к девчонкам, юный скептик будет проводить с ними время и сближаться, стараясь определить природу странных людей. Дамы выполняют роль духовных защитников и хранителей, обладающих разными характерами и подходом к жизни. Одна девочка наслаждается беззаботным бытием и большую часть времени бездельничает, тогда как другая наоборот, полноценно стремится к саморазвитию и работе над собой.

Геймеры смогут читать диалоги между персонажами, наблюдая за происходящими событиями через проработанные иллюстрации, выполненные в аниме рисовке. Придется налаживать взаимоотношения между героями, подбирая удачные реплики в диалогах и стараясь построить надежные и доверительные связи. У юзеров получится добиться любовных или дружеских отношений с каждой из девушек, которых повстречает протагонист.