Главный герой в Yousei скитается по миру и спустя несколько лет возвращается домой, в родной город. По приезду, Кангай замечает, что погибло несколько людей из-за его темного прошлого. Через время, парень присоединяется к группе подростков-экстрасенсов, желающих разобраться в тайнах странных смертей. Дети находятся под бдительным взором правительственных структур, используя для прикрытия учебу в университете. В академии тоже происходят смерти, что заставляет менять подход к изучению дела и центральную роль в расследовании начинает занимать протагонист.

Визуальная новелла Yousei погружает пользователей в атмосферные приключения, где предстоит наблюдать за деятельностью организации под прикрытием. Главной задачей для молодых ребят становится проведение секретного расследования, без привлечения посторонних лиц. Предстоит продуманно совершать изучение локаций и мест, где предположительно можно отыскать улики по делу, чтобы окружающие взрослые и студенты не заподозрили ничего о деятельности героя.

В процессе прохождения, игроки будут направлять развитие сюжетной линии, способной привести к разным концовкам. Придется взвешенно принимать решения в определенных ситуациях, ориентируясь на обнаруженные факты и зацепки, помогающие разбираться в загадочных смертях людей. В университете погибает профессор, что дает отправную точку для проведения экспертизы и анализа на месте, приближая героев к разгадке мистического явления.