Романтические приключения в Shuffle! переносят пользователей в фэнтезийный мир, где человечество уживается на одной планете с божественными и дьявольскими сущностями. Эти создания отличаются от типичного человека лишь размером и формой ушей, где у богов будут маленькие заостренные ушки, а у демонов – короткие. Магические существа обладают волшебными навыками и умеют неплохо уживаться с людьми, оказывая поддержу и проявляя искреннее дружелюбие. Главным героем выступает паренек по имени Цучими Рин, проживающий совместно с подружкой Фуё Каэде.

Протагонистам в Путаница! предстоит ходить в школу, в силу своего возраста, и обучаться новым знаниям. В процессе обычной и рутинной жизни, в один день в класс к ребятам приходит Лисиантус, которую зовут Сиа. Девушка является дочерью короля, властвующего над остальными божествами. Через время в школу переводиться другая девочка по имени Нерине, дочь демонического владыки. Главный герой оказывается в странной и загадочной ситуации, когда цари объявляют его женихом для своих дочерей и вынуждают вести себя соответственно.

Геймеры будут наблюдать за развитием визуального романа, где придется сталкиваться со сложными моральными решениями. Игроки будут брать под управление Рина, чтобы определиться с какой из девушек лучше завести любовные взаимоотношения. Помимо симпатичной демонессы и доброго ангелочка, в окружении парня присутствует старшеклассница Шигуре Аса и притягательная девчонка Примула.