Визуальный рассказ ENIGMA: повествует про молодого парня по имени Честер, что проживает в альтернативной вселенной, где человечество страдает от массового и таинственного заболевания. В один из дней, юноша замечает на себе симптомы загадочной болезни, которая начинает постепенно разрушать его тело. В процессе бесцельных скитаний, герой теряет сознание и оказывается у берега странного острова Карлайл. В чувства героя приводит девушка, спасающая его от неминуемой смерти.

Игроки в Энгима: будут наблюдать за развивающимися отношениями протагониста и девчонки, что присматривала за ним. В процессе общения, Честер обнаруживает, что жители острова вообще на сталкивались с опасной болезнью и полностью здоровы. На территории нет врачей, а люди беззаботно продолжают вести свои рутинные дела. Парень начинает понимать, что очутился на изолированном кусочке мира, где происходят необъяснимые события.

Юноша будет бродить по локациям, встречаясь с новыми персонажами и находя контакт с жителями местной деревушки. Недалеко находится лес, в который по слухам не стоит заходить из-за большой опасности. Протагонист начинает замечать что-то неладное и подозревает, что там происходят какие-то тайные махинации. Предстоит отправиться на исследование лесной чащи, чтобы найти ответы на интригующие вопросы молодого человека.

История развивается нелинейно, полностью завися от действий и поступков геймеров. Игрокам придется совершать выборы в диалогах, происходящих между героями повести, а также подбирать решения для некоторых ситуаций. Участвуя в разрешении моральных дилемм, будет меняться отношение других обитателей к протагонисту, а также зависеть финальная концовка игры. Придется продуманно совершать выборы, чтобы получить желаемый результат.