Погружение в Fly and Destroy выполнено за счет космической атмосферы, в которой оказываются геймеры. Игра выполнена в аркадном жанре, где необходимо управлять летающим истребителем и взрывать угрожающие астероиды. Уровни выполнены в двухмерной плоскости, где необходимо управляться с перемещением по полю, а также целиться в пролетающий космический мусор. Во время полетов получится наткнуться на коварные ловушки и противников, способных атаковать протагониста. Предстоит совмещать между собой четыре разновидности из навыков, которые помогают в уничтожении врагов.

В процессе полетов в Флай энд Дестрой, приходится активно изучать обширную Галактику и находить спрятанные бонусы, помогающие получать преимущество во время битв с врагами. Необходимо продвигаться по одиночной кампании, которая состоит из поочередно усложняющихся заданий. Боевые миссии наполнены разными целями, где в первую очередь важно выживать и получать минимальные повреждения корабля. Геймплейные механики проверяют скорость реакции игроков и их точность стрельбы. Упор сделан на любителей хардкорных испытаний, в которых приходится разбираться, чтобы понимать слабые стороны соперников. Для сражений приходится применять разнообразный арсенал вооружения, который находится на борту истребителя. Получится подбирать специальные бонусы и улучшать временно оружие.