Dead End Aegis: Gaiden повествует о борьбе человечества, что сталкивается с инопланетной угрозой. Пришельцы начинают захватывать Землю, вынуждая людей создавать специальные отряды для сопротивления. Простое оружие оказывается бесполезным против монстров, поэтому на стражу планеты выступают девушки-волшебницы, что способны при помощи врожденных талантов отбивать атаки тварей. Игра выполнена в виде визуальной интерактивной новеллы, нарисованной в анимешной стилистике.

Сюжетная линия в Dead End Aegis: Gaiden показывает приключения трех солдат, что дислоцировались неподалеку возле Марса, попав в состав Объединенных Сил Земли. Герои Лизетт, Цирцее и Кансю отправляются на сражения с чудовищами, проявляя загадочные и сверхъестественные способности. Выступая в роли последней надежды человечества, геймерам придется наблюдать за авантюрами девчонок, что принимают ответственные выборы и разбираются с моральными дилеммами.

История подается в виде классической японской манги, где приходится читать текст на фоне изображений, что показывают происходящие события и ключевых персонажей, участвующих в сюжете. Научно-фантастический сеттинг показывает драматические сцены погружая юзеров в межгалактическую войну. Геймплейные механики выполнены в кинетической форме, где нет возможности оказывать влияние на развитие рассказа. Юзеры будут переключать экраны с изображениями, чтобы продолжать чтение романа.