LEGO Alpha Team погружает игроков во вселенную, состоящую из конструктора ЛЕГО, где атмосфера выполнена в стилистике 60-х годов. Одно военное спецподразделение противостоит коварному преступнику Огелу. Отряд называется "Команда Альфа" и они готовы отправиться на любые испытания, чтобы положить конец заклятому врагу. Сюжет начинается с момента, когда злодей похищает друзей главного героя по имени Дэш, что теперь вынужден отправиться на их спасение. Игра представляет собой экшен-адвенчуру с элементами стелса, где необходимо выполнять поочередные миссии.

Геймеры в ЛЕГО Альфа Тим получают возможность:

• Выполнить около 50 уровней, где сложность будет постепенно увеличиваться.
  
• Осваивать новые способности протагониста, что вынужден планировать свои действия наперед.
  
• Проходить скрытно мимо врагов и устранять опасных противников без лишнего шума.
  
• Наблюдать за локациями и заниматься активацией энергобатарей, чтобы открывать двери.

Главной целью для Дэша становится устранение вражеских солдат, а также доступ к управлению дверьми на территории секретной базы Огела. Придется на каждом уровне открывать проходы на новые участки карты, чтобы приблизиться к спасению товарищей по команде. Герою приходится прибегать к хитрости и расчетливому планированию действий. При совершении ошибки, игроки смогут перезапустить миссию и пройти уровень по новой. Геймплей состоит из решения пространственных головоломок, где используется механика программирования действий.