Юзерам в Kaiju Wars предстоит заниматься защитой города от наводнения монстров, применяя для этого танки, артиллерийские орудия, реактивные самолеты и солдат. Противниками становятся ужасные "кайдзю", против которых выступает мэр города Флоатио. Пользователи будут заниматься тактическим расположением военной техники и бойцов, строить защитные укрепления и постройки и создавать аэродромы, чтобы призывать больше истребителей на поле боя. Главной задачей становится оборона мирных граждан, применяя классическое вооружение или технологичных роботов-трансформеров и экспериментальные орудия с замораживающими лучами.

Сеттинг в Кайдзю Варс выполнен в научно-фантастическом стиле, где приходится разбираться со стратегическими задачами. Геймеры будут выполнять уровни в одиночной кампании, где важно дождаться создания сыворотки против чудовищ от ученых, которым необходимо время на разработку. Придется сдерживать натиск тварей и при необходимости эвакуировать лабораторию лодками или самолетами. Игроки смогут сразиться против 5 разных монстров, что будут постепенно мутировать и становиться сильнее. Враги смогут входить в три состояния: "Они мутируют!", "Неудержимый!" и "Предсказуемый!". Сюжетные задания занимают около 8 часов геймплея, после чего можно опробовать локальный Versus, где сходятся в схватке два юзера: один играет за Кайдзю, а другой за Людей.