Пользователи в Lightweight Ninja выполняют роль скрытного ниндзя, что вынужден пробираться через разнообразные вражеские территории. Главным героем выступает Тай (Легкий Ниндзя), что вынужден отправиться на свою первую миссию и раскрыть множество загадок, чтобы развивать потенциал настоящего и волевого воина. Протагониста вывели при помощи лабораторных экспериментов, благодаря деятельности мистера Эллиота Ксавиора, что занимается химическими и клеточными махинациями над подопытными людьми в Xavior Industries.

Главной задачей для пользователей в Lightweight Ninja становится прохождение поочередных уровней, где необходимо сталкиваться с противниками и справляться с ландшафтными препятствиями. Игрокам необходимо заниматься тренировками героя, чтобы улучшать его навыки и умения. В процессе выполнения боевых миссий, предстоит часто разгадывать пространственные головоломки, чтобы открыть проход на новые локации. Геймерам необходимо передвигаться по двухмерным локациям с видом сбоку, преодолевая различные преграды и уничтожая врагов, совершая прыжки им на голову. Игра выполнена в жанре классического платформера, где большинство взаимодействий построены на скорости реакции и точных прыжках по уступам или противникам. Сюжетная линия будет развиваться между заданиями, показывая происходящие события в форме иллюстрированных кат-сцен с текстовым содержанием.