Cafe Stella and the Reaper's Butterflies повествует о приключениях беззаботного паренька по имени Такамине Косей, что является студентом. Погрязнув в скучной бытовой рутине, герой случайно попадает в трагичную ситуацию и погибает, после чего снова открывает глаза. С этого момента начинается повторение событий с того дня, что напоминают пространственно-временную ловушку. Протагонист вынужден искать способ разорвать цепочку повторений, чтобы наконец-то спасти свою жизнь. В процессе прохождения, игроки будут беседовать с симпатичными девчонками и участвовать в разнообразных взаимодействиях с ними, выполненными в форме визуального романа.

В интерактивной новелле Cafe Stella and the Reaper's Butterflies геймерам приходится налаживать свои взаимоотношения с красотками, где можно добиться дружеских или романтических контактов. Юноша сможет бесконечно наслаждаться взаимодействиями с девушками, стараясь отыскать правильную последовательность действий для спасения из загадочной ловушки, что произошла после его смерти и повторного пробуждения. Игроки будут читать диалоги между анимешными персонажами, подбирая желаемые реплики от лица протагониста. Предстоит совершать разные выборы в ответственные моменты сюжетного повествования, чтобы менять происходящие события и направлять в желаемое русло историю. Геймеры смогут выяснить личные переживания каждой дамы (Акизуки Канна, Шики Натсуме, Сумизоме Нозоми, Хиючидани Меи и Шиояма Сузуне), а также получить одну из доступных концовок.