Mutant Year Zero: Seed of Evil переносит геймера в мир постапокалипсиса. Все живые существа превратились в мутантов, и только некоторые сейчас способны сражаться. Именно за команду таких ребят и предстоит играть. События разворачиваются после конца основной части игры, и могут показать, что же осталось за кадром. Теперь предстоит разобраться с самой главной угрозой. А именно, корнями, которые могущественно и стремительно захватывают Ковчег – единственное относительно спокойное место. Конечно, сделать это будет не так легко, как кажется, но к счастью, к команде присоединяется новый герой.

В Mutant Year Zero: Семя зла есть новый персонаж – Большой Хан. Он такой же мутант, и все его называют лосем из-за заметных наростов в виде рогов и морды зверя. Он является сталкером-ветераном, и за свою жизнь пережил многое. Исследуя Зону в одиночку, перс получил большое количество боевого опыта. Так, он способен наносить критические удары, а также, благодаря дополнительным мутациям, сражаться с самыми ожесточенными недоброжелателями.

Нужно помочь Даксу, Бормину, Приппу, а еще и других обитателей от опасности, ведь корни смогли захватить даже зональных гулей. Есть дополнительные локации, которые можно исследовать. Помимо уже известных, таких как Копье Небес или Морские титаны, есть Мавзолей пригорода или Зал электрических гробов. Также проблемы могут принести гули и роботы-полицейские, которые снова вторгаются и захватывают те места, которые ранее от них были очищены.