События Aegis Descent развиваются в период Второй мировой войны, когда она подходит к своему завершению. Игровой процесс представляет собой напряженный шутер с элементами рогалика. Секретный научный центр был захвачен инопланетянами. Человечество вынуждено послать своих лучших пилотов на сложнейшее задание. Потребуется спуститься в шахты под лабораторией, где нужно ликвидировать страшнейшую угрозу.

Игроки управляют маневренным летающим транспортом, сражаясь с различными противниками. Пилотирование представлено перспективной от первого лица. Аппарат имеет прочную броню и огромное количество вооружения. Исследуя локации, требуется собирать секретные разработки и технологии. Они дают возможность прокачать свой шаттл. Собирая ресурсы, необходимо пополнять свой боезапас. В процессе прохождения Aegis Descent также можно открывать новые классы пилотов, дополнительное вооружение, способности и многое другое.

В зависимости от выбора пилота меняется стратегия боев. Различные навыки можно между собой комбинировать, создавая уникальный билд и тем самым значительно расширяя тактические способности своего пилота. Требуется сражаться с рядовыми шаттлами и более сильными кораблями. За победу над врагами начисляются различные бонусы и награды, помогающие в прохождении. С каждым новым уровнем игровой процесс усложняется. Противников становятся больше и они имеют больший запас прочности своего корпуса.