Рыбы-суперсыщики 2 совмещает элементы приключений и логических головоломок. Задача заключается в преодолении последовательных локаций, заполненных ловушками и задачами. Чтобы разнообразить происходящее, авторы создали историю, придающую больше смысла действиям пользователя.

Цель игрока – безопасно провести пару секретных агентов-рыбок с одного конца локации на другой. Проблема в том, что каждый уровень полон ловушек и элементов, которые могут убить подопечных. Только правильное расположение (перемещение, переключение) всех предметов гарантирует безболезненный проход по локации. У каждого из двух героев есть разные навыки, позволяющие эффективно дополнять друг друга: Макс Флаундер большой и сильный, благодаря чему он способен перемещать и сбивать предметы (даже самые тяжелые), а Тина Гуппи – маленькая и подвижная рыба, способная протискиваться сквозь тесные и недоступные для Макса пространства (узкие проходы, коридоры).

Эта пара в Fish Fillets 2 справляется с большинством проблем, и в сложных случаях на помощь приходит один из шести дополнительных персонажей, поддерживающие главных героев уникальными свойствами (например, клешни краба Вергилия). Под водой или на набережной доступно свыше сотни локаций. Время от времени разработчики предоставляют сцены, развивающие основной сюжет и продвигающие действие. Во время игры можно разблокировать скрытые бонусы, упрощающие преодоление препятствий. Путь, по которому понадобится пройти, не является линейным, время от времени появляется возможность выбрать, какой дорогой предстоит идти дальше. Благодаря этому не получится застрять надолго на одном месте – всегда можно вернуться и использовать другой маршрут в любое время.