Analogue: A Hate Story рассказывает о далеком и мрачном будущем. На дворе 25 век. Человечество отправляет с Земли корабль с колонистами. Они собирались создать первую межзвездную колонию, однако планам не суждено было сбыться. Судно так и не добралось до пункта назначения. Звездолет внезапно исчез, а связь с ним прервалась. Его удалось отыскать лишь 1000 лет спустя.

Геймеру предлагают узнать, что же происходило на борту Mugunghwa всё это время. Пользователю оказывают помощь два искусственных интеллекта в форме девушек по имени Mute и Hyun-ae. Юзер постепенно узнает о случившемся, изучая журналы мертвых людей. Игрок складывает разные куски информации в цельную картину и понемногу начинает понимать подробности произошедшей трагедии и причины её появления. Проект Analogue: A Hate Story напрямую связан с тайтлом Digital: A Love Story. Действие здесь начинается спустя 100 лет после завершения событий в этой игре.

Сам тайтл представляет собой визуальную новеллу. У инди-проекта депрессивный и детективный сюжет. У повествования 5 концовок. Присутствует небольшая нелинейность. Она заключается в возможности совершать выбор. Но делать это тут дают нечасто. Большую часть времени здесь надо читать текст, включая описания, монологи и диалоги. Графика стилизована под аниме. Компьютерных женщин можно наряжать в различные наряды. У них прописанные характеры.