Deus Ex: Invisible War – продолжение классического стелс-экшена с видом от первого лица. Проект содержит в себе множество механик, взятых из других жанров, например, прокачку, диалоги с выбором из нескольких вариантов ответа, и инвентарь из РПГ. Перед стартом однопользовательской кампании, действие которой начинается спустя 20 лет после событий оригинала, геймеру предоставляется возможность кастомизировать собственного персонажа, выбрать его пол и основные черты внешности. По умолчанию, главный герой по имени Алекс Д., является мужчиной европейской расы. В ходе приключений, игрок может улучшать характеристики и получать новые способности благодаря вживлению биомодификаторов в тело протеже.

Стартует прохождение практически сразу после побега группировки протагониста в Сиэтл из разрушенного террористами Чикаго. Расположившись в штаб-квартире корпорации Тарсус, виртуальный протеже будет получать противоречивую информацию о деятельности этой организации. Благодаря нелинейности повествования, игрок обладает правом выбора, что открывает возможность влиять на последующие события.

Игровой мир включает в себя множество фракций, представляющие разные мировоззрения и интересы. ВТО (Всемирная Торговая Организация) – управляют большинством городов-государств, желают постоянно увеличивать своё влияние, Орден – религиозное объединение, Тамплиеры – сетуют за запрет биомодификаций человека, что стало повсеместным явлением во вселенной игры. Каждая сторона обладает своими наборами квестов, геймеру предоставляется выбор кому помогать и строить дружеские отношения, а с кем вести войну. Концовок у основной сюжетной линии несколько, к ним приводят всевозможные решения, принятые пользователем за время прохождения.