Metamorfose S сочетает в себе экшен, платформер, нелинейное исследование локаций и ролевые элементы. Иными словами, это метроидвания. Проект проходится примерно за 8 часов. История посвящена парню по имени Себастьян. Он был создан неким Джерри. Ученый дал главному герою жизнь для того, чтобы тот уничтожил все сбежавшие образцы.

В игре есть прокачка персонажа. За убийство врагов дают опыт. С ростом уровня выдается 1 очко на повышение любой из характеристик протагониста: здоровье, мана, сила, защита, удача, шанс критического удара и урон от него. С убитых противников выпадают различные материалы. В Metamorfose S из них можно крафтить оружие, броню и бижутерию.

По мере прохождения герой получает новые способности, позволяющие исследовать карту на 100%. Например: с помощью двойного прыжка можно забраться в те места, куда раньше допрыгнуть не получалось. Уровни изобилуют большим количеством секретов и скрытых областей. В ближнем бою персонаж рубит монстров клинком. На дальних дистанциях он использует метательные ножи, а также применяет различные заклинания. Помимо этого парень может превращаться в когтистого гуманоида с крыльями. Недруги представляют собой скелетов, мутантов, гигантских скорпионов и моллюсков, всевозможных роботов и киборгов. В тайтле есть битвы с боссами.