Гнома в белом одеянии из Samorost 2 опять ждут приключения. С ним постоянно случаются всякие неприятности, хоть и живет он на кусочке коряги, который летает в космосе. После того, как гном попал в опасную ситуацию с астероидом, к нему прилетают пришельцы. Инопланетяне так принялись усердно воровать урожай героя, что, убегая, утащили с собой его любимого песика. Теперь персонаж отправляется на его поиски.

Виртуальная Вселенная выполнена в сюрреалистическом сеттинге с присутствием футуристических элементов. Ее обитатели - разные по размеру и виду существа, которые будут помогать протагонисту в процессе. Здесь нет диалогов, а прохождение по многочисленным уровням осуществляется под загадочную музыку. В этом мире нужно решать головоломки, многие из которых весьма сложные. Решать логические задачки необходимо используя активные предметы, с которыми взаимодействует протагонист. В большинстве из них надо активировать в определенной последовательности предметы. В некоторых случаях потребуется поиграть на особой трубе, благодаря которой можно "оживить" некоторых персонажей или разрешить очередную задачу.

Геймеру доступны подсказки, которые есть в игровом меню. Для этого нужно открыть специальную книгу, в которой схематически показана поочередность действий. Несмотря на это, периодически стоит быть предельно внимательным, ведь требуемый объект может быть мал или способен органично вписываться в окружение. Проходя линейные левелы в Саморост 2, пользователь сможет пройти все задания и отыскать собаку героя.