Windmills – это метроидвания со стилизованной под ретро двухмерной пиксельной графикой. В этом гибриде экшена и платформера используется традиционный вид сбоку. Основной упор в геймплее сделан на динамичных сражениях с недругами, хотя исследование локаций тоже присутствует. Также в наличии беседы с NPC и квестовые цепочки. Боевая система построена на отражении и парировании вражеских атак, а также на подавлении соперников и уклонении от их ударов. Важную роль играет тайминг. В награду за правильную и своевременную реакцию воин ненадолго получает особые способности. К примеру, если он успешно отразит сделанный супостатом выстрел молнией, то может некоторое время добавлять к своим атакам электрический урон. По мере прохождения мувсет бойца расширяется.

Игра выполнена в сеттинге темного фэнтези. В Windmills нестандартная подача сюжета. История подается от лица самого протагониста, который вспоминает былые времена. При этом сам он является ненадежным рассказчиком, поскольку память его уже подводит. В зависимости от действий игрока будут меняться и воспоминания главного персонажа. Одни события подадутся в искаженной форме, а другие и вовсе вылетят у него из головы. За счет этого в инди-проекте появляется реиграбельность. В этом тайтле геймер управляет охотником на ведьм – последним из Багровых Плащей. Он путешествует по разоренному монстрами волшебному королевству, восстанавливает порталы и уничтожает чудовищ.