В Project AURA земляне столкнулись с последствиями глобального потепления. Уровень воды поднялся настолько, что полностью стер сушу с лица планеты. Хорошо, что люди давно предвидели экологическую катастрофу, и успели создать бункеры. Поселенцев погрузили в криогенный сон до тех пор, пока не минет опасность. Задача игрока – разбудить выживших и заново отстроить цивилизацию.

Водный мир делят 5 корпораций:

• Conservatives – влиятельная фракция, спрятанная под защитным куполом и богатая на ресурсы, разводит морских червей;
  
• Eco – хочет спасти планету и выяснить причины катастрофы, владеет приливной инфраструктурой;
• Neo industrial – в первую очередь развивает промышленность и торговлю с помощью резервной мастерской;
  
• Cosmos – стремится покинуть затопленное пространство и найти новый дом среди звезд, пользуется суперкомпьютером;
  
• Neutral – Ковчег Жизни, та самая организация, что спасла остатки человечества, новый центр политического и экономического влияния, юзер получает 2 случайные технологии.
  

В игре Проект АУРА геймер выбирает одну из фракций и получает ее технологии. Дальше нужно будить подопечных, следить за их питанием и здоровьем. Работники собирают плавающий вокруг мусор. Материал используют для отстройки базы и достижения своих идейных целей.

У организаций есть рынки: Неокон, Эко, Хайтек и Космос. В торговле действует система репутации. Чтобы получить предприятия компании, нужно достать ее вексель. Для этого прокачиваются партнерские отношения за счет выполнения цепочек квестов. Однако задания выдают только 4 фракции, исключая нейтральную.

Взаимодействия между базами играют большую роль в геймплее. У каждого здесь свои враги. Сходясь с одной стороной, пользователь автоматически становится противником другой. Построив на своей платформе здания союзника, юзер получает бонус к партнерским отношениям и ухудшает ситуацию с конкурентами.