Kubifaktorium предлагает заняться колонизацией новых земель. Весь игровой процесс сводится к добыче ресурсов и их распоряжению. От действий игрока зависит то, умрут ли жители его города, поскольку в игре есть два самых страшных противника: голод и холод. Каждая новая игра стартует из небольшого острова, где у костра собирается небольшая группа выживших.

Работы для юнитов предостаточно: вырубка лесов, выращивание растений, создание оружия, посев пшеницы, сбор урожая и т.д. На основе выбранной работы для того или иного рабочего, повышаются его определенные навыки. На протяжении кампании Kubifaktorium, герои посетят различные биомы, представленные своей фауной, ресурсами и врагами. По мере роста и развития колонии, будут улучшаться технологии, включая транспортную систему поездов, дирижабли, монтажные устройства и автоматизированные процессы.

Автоматизация позволяет юнитам не уставать и не перетруждаться. Автоматизированные склады, фермы, комбинаты, зернодробилки и многие другие объекты помогут не только разгрузить болванчиков и создать новые рабочие места, но и значительно ускорить процесс добычи ресурсов и материалов. С помощью железных дорог протаптывается путь к новым землям и колониям, что позволит обычный город превратить в целую империю. На последних этапах развития колонии геймплей превращается в сложную головоломку, где необходимо держать множество производственных процессов в голове и следить сразу за всей великой державой.