Tokyo Necro переносит игроков в мрачное будущее, где на Земле наступил новый ледниковый период. В 2200-х годах остатки человечества смогли укрыться в уцелевших городах, защищенных геотермальными тепловыми трубками. Однако эти мегаполисы оказались перед новой угрозой. Внезапно появились некроманты, что стали воскрешать мертвых. Причем делают они это не благодаря магии, а при помощи загадочных биотехнологий. Действие игры происходит в Японии. История посвящена приключениям протагониста по имени Nagaoka So'un и его напарницы, которую зовут Kibanohara Ethica. Эти охотники на нежить регулярно сражаются с ожившими мертвецами и теми, кто их поднимает из могил. Однажды герои становятся свидетелями похищения девушки. В результате они попадают в череду событий, после чего им приходится спасать японскую столицу.

Токио Некро – это визуальная новелла. На фоне многих других представителей жанра она выделяется своим графическим стилем. Её анимешная графика скрещивает 2D и 3D. Также проект может похвастаться необычным и проработанным футуристическим сеттингом с обыгрыванием темы зомби. Сюжет изобилует внезапными поворотами. В нём часто показываются трехмерные экшн-сцены. Также здесь есть хентайные сценки, что становятся доступными при выполнении определенных условий. В наличии 4 рута. У действующих лиц есть озвучка на японском языке.

В игре можно заромансить следующих героинь:

• Hogyo Iria – фанатка отаку-культуры 20 века;
  
• Gijo Mitsumi – ожившая девушка-сталкер, мастерски владеющая катаной;
  
• Aso Kiriri – женщина-офицер военной полиции и по совместительству подруга детства Этики;
  
• Con Su – одноглазая дама, что работает менеджером в магазине, расположенном в Гипер Гетто.